习惯性流产的原因有多种，但主要与遗传因素、免疫因素、子宫因素有关。

1、遗传因素：反复流产的夫妇中大约有5%10%与染色体异常有关。除了染色体异常之外，某些基因突变也可能导致胎儿早期死亡和流产。

2、免疫因素：怀孕后，由于胎儿和母亲的抗原特征不同，母亲血浆中存在封闭抗体，保护胎儿免受母亲免疫系统的排斥，使其得以生存。母亲血液中缺乏这种阻断抗体会导致早期自然流产。这种情况在近亲结婚的人中更为常见。此外，RH血型不合或AB0血型不合也会引起习惯性流产。

3、子宫因素：反复进行子宫刮宫手术可能会损伤子宫内膜基底层，导致早孕流产。此外，宫腔内部分粘连还可能导致宫腔容积减少，从而影响受精卵的着床和发育，增加习惯性流产的风险。